ChIP+SIM看減數(shù)分裂過程中的RPA、RAD51、DMC1
之前我們整理分享過一系列關(guān)于減數(shù)分裂的文章，最近又上線一篇，將ChIP－seq、SIM超分辨兩大技術(shù)聯(lián)合使用，追蹤減數(shù)分裂中的關(guān)鍵事件DNA損傷修復(fù)，具體內(nèi)容如下：
先搭建模型：減數(shù)分裂過程中，組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶PRDM9修飾組蛋白，“標(biāo)記”損傷發(fā)生的位點，SPO11切割DNA，引發(fā)DNA雙鏈損傷（DSB）。DSB發(fā)生后RPA、DMC1、RAD51參與DSB修復(fù)，作者構(gòu)建了一種雜交小鼠，可識別區(qū)分出小鼠兩條同源染色體（便于追蹤同源介導(dǎo)修復(fù)過程中的損傷染色體、模板染色體），利用ChIP－seq技術(shù)追蹤DSB修復(fù)過程中RPA、DMC1、RAD51在DNA序列上的分布情況
寬泛的看一下DSB數(shù)（SPO11指示）、RPA、DMC1、RAD51之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)它們正相關(guān)
ChIP－seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)損傷位點（SPO11指示）附近RPA、DMC1、RAD51有獨特的分布方式：DMC1、RPA聚集到損傷處，在損傷處密度最高，而RAD51圍著損傷處呈雙峰分布
DSB后的修復(fù)依賴同源染色體作為模板，作者搭建的系統(tǒng)可區(qū)分兩條同源染色體，即除了能看損傷鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布外，還能看同源的模板鏈上RPA、DMC1、RAD51的分布，發(fā)現(xiàn)模板鏈上沒用DMC1、RAD51分布，有RPA分布
DMC1分布峰在損傷處，而RAD51分布峰距離損傷處較遠(yuǎn)，暗示兩者并非完全共定位，作者實際用SIM超分辨進行了驗證，發(fā)現(xiàn)兩者的確只是部分共定位
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